La prima ragione per venire a Favignana è sicuramente il mare. È splendido. Acqua cristallina, fredda, con colori degni delle migliori spiagge caraibiche. Nel 2019 Favignana si è aggiudicata le 4 vele (Guida Blu redatta da Legambiente) che premiano la qualità dell'accoglienza e la sostenibilità turistica della località, la pulizia del mare e delle spiagge e la presenza di numerose spiagge libere.
Favignana è particolarmente apprezzata dai turisti perché non richiede necessariamente un'imbarcazione per godersi tutte le spiagge, che sono facilmente accessibili a piedi.